Los Apéndices I, II y III de la Convención son listas de especies que ofrecen diferentes niveles y tipos de protección ante la explotación excesiva (véase Cómo funciona la CITES).
En el Apéndice I se incluyen las especies sobre las que se cierne el mayor grado de peligro entre las especies de fauna y de flora incluidas en los Apéndices de la CITES (véase el párrafo 1 del Artículo II de la Convención). Estas especies están en peligro de extinción y la CITES prohíbe el comercio internacional de especímenes de esas especies, salvo cuando la importación se realiza con fines no comerciales (véase el Artículo III), por ejemplo, para la investigación científica. En estos casos excepcionales, puede realizarse la transacción comercial siempre y cuando se autorice mediante la concesión de un permiso de importación y un permiso de exportación (o certificado de reexportación). Además, en el Artículo VII de la Convención se prevén excepciones y otras disposiciones al respecto.
En el Apéndice II figuran especies que no están necesariamente amenazadas de extinción pero que podrían llegar a estarlo a menos que se contrale estrictamente su comercio. En este Apéndice figuran también las llamadas "especies semejantes", es decir, especies cuyos especímenes objeto de comercio son semejantes a los de las especies incluidas por motivos de conservación (véase el párrafo 2 del Artículo II de la Convención). El comercio internacional de especímenes de especies del Apéndice II puede autorizarse concediendo un permiso de exportación o un certificado de reexportación. En el marco de la CITES no es preciso contar con un permiso de importación para esas especies (pese a que en algunos países que imponen medidas más estrictas que las exigidas por la CITES se necesita un permiso). Sólo deben concederse los permisos o certificados si las autoridades competentes han determinado que se han cumplido ciertas condiciones, en particular, que el comercio no será perjudicial para la supervivencia de las mismas en el medio silvestre (véase el Artículo IV de la Convención).
En el Apéndice III figuran las especies incluidas a solicitud de una Parte que ya reglamenta el comercio de dicha especie y necesita la cooperación de otros países para evitar la explotación insostenible o ilegal de las mismas (véase el párrafo 3 del Artículo II de la Convención). Sólo se autoriza el comercio internacional de especímenes de estas especies previa presentación de los permisos o certificados apropiados (véase el Artículo V de la Convención).
Únicamente la Conferencia de las Partes, bien sea en sus reuniones ordinarias o mediante el procedimiento de votación por correspondencia, puede añadir o suprimir especies de los Apéndices I y II, o transferirlas de un Apéndice a otro (véase el Artículo XV de la Convención). Ahora bien, cualquier Parte puede en cualquier momento añadir o suprimir unilateralmente una especie del Apéndice III (pese a que la Conferencia de las Partes ha recomendado que los cambios deberían programarse para que conincidiesen con las enmiendas a los Apéndices I y II).
Pueden incluirse anotaciones a las especies que figuran en los Apéndices para calificar su inclusión. Por ejemplo, las poblaciones aisladas de una especie pueden necesitar distintas medidas de conservación y estar incluidas en Apéndices diferentes (por ejemplo, las poblaciones de lobos de Bhután, India, Nepal y Pakistán están incluidas en el Apéndice I, mientras que las demás poblaciones están incluidas en el Apéndice II). Estas especificaciones pueden señalarse al lado del nombre de la especie o en la sección relativa a la Interpretación, mediante una referencia cruzada (por ejemplo, '#1'). Por esta razón, siempre debe consultarse la sección Interpretación a los Apéndices.
Además, la Secretaría CITES preparo en consultación con el Comité Permanente unas Orientaciones para la publicación de los Apéndices para apoyar a la Secretaría en la publicación de los Apéndices y ayudar a las Partes que las incluyan directamente en su legislación nacional.
Toda Parte tiene derecho a formular reservas en relación con la inclusión de una especie en los Apéndices, en virtud de los Artículos XV, XVI o XXIII de la Convención.